Berdasarkan Peraturan Gubernur Bali Nomor 73 Tahun 2022 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Rumah Sakit (Berita Daerah Provinsi Bali Tahun 2022 Nomor 74) sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Peraturan Gubernur Bali Nomor 14 Tahun 2025 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Gubernur Nomor 73 Tahun 2022 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Rumah Sakit (Berita Daerah Provinsi Bali Tahun 2025 Nomor 17), maka struktur organisasi Rumah Sakit Mata Bali Mandara sebagai berikut:
